Automatiser bexio :factures et paiements sans saisie manuelle.

Ce que bexio automatise déjà

bexio est l’un des logiciels de gestion les plus répandus parmi les PME suisses. Selon un communiqué de février 2026, plus de 100’000 entreprises utilisent la solution ; bexio appartient entièrement à la Mobilière.^[1] Pour le trafic des paiements, bexio indique plus de 60 connexions bancaires. Les paiements reçus sont rapprochés automatiquement des factures ouvertes, et les ordres de paiement pour les factures fournisseurs partent directement dans l’e-banking.^[2]

Les justificatifs peuvent être photographiés et téléchargés avec l’application bexio Go. bexio présente lui-même ce classement comme un classement numérique et non comme une archive certifiée ; l’entreprise doit documenter sa procédure de numérisation. Sur cette page, bexio ne décrit pas de reconnaissance automatique du texte des justificatifs.^[3] C’est précisément là qu’interviennent de nombreuses automatisations : les justificatifs sont lus, le fournisseur, le montant, la date et la TVA sont reconnus et préparés sous forme de proposition.

Le chemin type de la boutique à la comptabilité

Dans le commerce en ligne, la plupart des écritures ne naissent pas dans bexio, mais dans la boutique. Un processus complet comprend en général les étapes suivantes :

1. Commande dans la boutique, par exemple dans Shopify ou WooCommerce.
2. Contact recherché ou créé dans bexio, avec une adresse proprement structurée.
3. Facture établie avec les articles, les quantités et le bon taux de TVA.
4. Paiement saisi, soit via la référence QR lors de l’import bancaire, soit via le versement du prestataire de paiement.
5. Rapprochement et frais comptabilisés, y compris les remboursements et les devises étrangères.

Pour certaines étapes, il existe des connexions toutes prêtes. La bexio Marketplace répertorie par exemple un connecteur WooCommerce de Helvy qui transfère les commandes et les données clients ; le même éditeur propose une solution pour Shopify.^{[5, 6]} Avec plusieurs moyens de paiement, des places de marché ou des cas particuliers, les connexions standard atteignent toutefois souvent leurs limites.

Ce que permet l’API de bexio

L’API de bexio est une interface REST dont l’URL de base est api.bexio.com/2.0 ; certains points d’accès fonctionnent en version 3.0. L’authentification passe par OAuth 2.0 avec OpenID Connect ou par un Personal Access Token, valable 60 jours et donnant un accès complet aux données de l’entreprise.^[4]

Source : documentation de l’API bexio, consultée en septembre 2026.^[4]

En pratique, cela signifie que les événements comme les nouvelles commandes viennent de la boutique, et que bexio est interrogé à intervalles judicieux. Une automatisation robuste respecte la limite de requêtes, répète les requêtes en cas d’erreur et consigne chaque écriture. Pour les systèmes en production, OAuth est préférable au Personal Access Token, car ce dernier expire après 60 jours et ne connaît pas de droits restreints.

QR-facture : l’échéance de novembre 2026

La QR-facture a été introduite à partir du 30 juin 2020, et les bulletins de versement rouges et orange ont été supprimés au 30 septembre 2022.^[7] Depuis le 22 novembre 2025, seules les adresses structurées sont admises dans les QR-codes nouvellement créés, c’est-à-dire la rue, le numéro, le code postal et la localité dans des champs séparés.^[8]

Dans le trafic des paiements, une période de transition court jusqu’à la release SIC du 20 novembre 2026. Les paiements comportant des adresses non structurées et une date d’exécution postérieure sont rejetés par les banques.^[9] Pour les boutiques en ligne, c’est un sujet concret : si les adresses sont saisies en texte libre dans la boutique, elles doivent être correctement découpées avant d’être transmises à bexio. Sinon, des QR-factures ou des paiements erronés en résultent.

Comptabiliser correctement les prestataires de paiement

Pour les paiements par carte, la difficulté est dans le détail. En Suisse, Stripe facture 2,9 % plus CHF 0.30 par transaction pour les cartes suisses ; pour les cartes internationales, c’est 3,25 % plus CHF 0.30, avec 2 % supplémentaires en cas de conversion de devise.^[16] C’est le montant net qui est versé, mais le chiffre d’affaires et les frais doivent être comptabilisés séparément.

En pratique, on utilise pour cela un compte de transit pour le prestataire de paiement et un compte de frais distinct. Les remboursements nécessitent leurs propres écritures, et les devises étrangères augmentent la charge de travail.^[17] S’y ajoutent les bons taux de TVA : depuis 2024, 8,1 % pour le taux normal, 2,6 % pour le taux réduit et 3,8 % pour l’hébergement.^[15] Une automatisation peut décomposer les versements et rattacher chaque commande à son paiement.

Conservation et justificatifs numériques

Selon l’art. 958f CO, les livres et les pièces comptables doivent être conservés pendant dix ans à compter de la fin de l’exercice. L’ordonnance concernant la tenue et la conservation des livres de comptes (Olico) admet aussi des supports modifiables si l’intégrité est protégée, par exemple par des signatures, des horodatages et des journaux. Les données doivent pouvoir être lues à tout moment.^{[10, 11]}

Pour les processus automatisés, cela signifie que chaque justificatif devrait être relié à l’écriture correspondante, classé sans modification et consigné de manière traçable.

Pourquoi cela vaut la peine

Dans le baromètre de la bureaucratie 2022 du SECO, 60 % des entreprises interrogées qualifiaient leur charge administrative d’élevée ou de plutôt élevée.^[13] Une étude plus ancienne de Billentis pour la Chambre économique d’Autriche estimait le coût d’une facture entrante sur papier à environ 13 euros et 13 minutes de traitement.^[12] Ce chiffre est ancien et pas directement transposable à la Suisse, mais il montre combien de temps se cache dans chaque justificatif.

Parallèlement, le trafic des paiements continue d’évoluer : fin juin 2026, eBill comptait plus de 4 millions d’utilisatrices et d’utilisateurs, et environ 93 millions de transactions y ont transité en 2025. LSV+ et BDD seront supprimés au 30 septembre 2028 et remplacés par eBill Direct Debit.^[14]

Check-list pour votre automatisation bexio

• Quels justificatifs naissent dans la boutique, lesquels arrivent par e-mail ou par la poste ?
• Les adresses sont-elles saisies de manière structurée, pour que les QR-factures et les paiements fonctionnent à partir de novembre 2026 ?
• Comment les versements de Stripe, TWINT ou PayPal sont-ils décomposés en chiffre d’affaires, frais et remboursements ?
• Les taux de TVA sont-ils correctement enregistrés pour chaque article ?
• Existe-t-il un journal pour chaque écriture automatique et un endroit où les exceptions sont vérifiées ?
• L’authentification à l’API passe-t-elle par OAuth, et la limite de requêtes est-elle prise en compte ?

Questions fréquentes